Seurakunnassa pyritään toteuttamaan ns. yleistä pappeutta. Seurakunnan paimentehtävää hoitavat vanhimmat, jotka yhdessä eri työmuotojen edustajien kanssa muodostavat vanhimpien ja seurakuntapalvelijoiden neuvoston. Siihen kuuluu tällä hetkellä puolisen sataa miestä ja naista. Vanhimmiston puheenjohtajana toimii seurakunnanjohtaja Klaus Korhonen ja varapuheenjohtajana 2. pastori Mauri Venemies. Neuvoston jäsenistä valitaan 10-12 henkinen hallitus. Hallitus kokoontuu joka toinen viikko. Hallituksen puheenjohtaja on Klaus Korhonen ja varapuheenjohtaja on Timo Tikka.
Alkuvaiheessaan Saalem-seurakunta päätti valita yhdistyslain suoman rekisteröitymismahdollisuuden, eikä muodostanut uskonnollista yhdyskuntaa. Seurakunnan virallisia asioita hoitamaan perustettiin Saalem-lähetys ry., johon kaikki seurakunnan jäsenet kuuluvat. Tämän yhdistyksen hallituksen puheenjohtajana toimii Klaus Korhonen ja varapuheenjohtajana Mauri Venemies.
Vuonna 2002 helluntaiherätyksen keskuudessa perustettiin uskonnollinen yhdyskunta, jonka nimeksi tuli “Suomen Helluntaikirkko”. Se sai lainvoiman toimintaansa maaliskuussa 2003, jolloin seurakuntalaiset saivat halutessaan mahdollisuuden liittyä Suomen helluntaikirkkon, vaikka Saalem-seurakunta jatkaakin edelleen toimintaansa yhdistysmuotoisena. Tämä merkitsee sitä, että Saalemin jäsenistö kuuluu kokonaisuudessaan Saalem-Lähetys ry:hyn, joka edelleenkin edustaa seurakuntaa juridisesti. Osa jäsenistöstä on lisäksi Suomen Helluntaikirkon jäseniä.